Nach den neuesten Forschungen von Gabriele Wiechert wurde Fischer am 18. Juni 1662 in Schlackenwerth getauft, wo er später auch die Ordensschule der Piaristen besuchte. Da die Musik im Unterrichtskonzept des Ordo Clericorum regularium Pauperum Matris Dei Scholarum Piarum eine herausragende Rolle spielte, dürfte Fischer schon während seiner Schulzeit eine gute musikalische Grundausbildung erhalten haben. In Schlackenwerth residierte Herzog Julius Franz von Sachsen-Lauenburg, der großen Wert auf höfische Repräsentation legte und eine beachtliche Hofkapelle unterhielt. Wir wissen wenig über die weitere Ausbildung Fischers, doch sind seine Lehrer in der Hofkapelle oder deren Umkreis zu vermuten. Wahrscheinlich wurde Fischer unmittelbar nach seiner Schulzeit in die herzögliche Kapelle aufgenommen und stieg in ihrer Hierarchie schnell auf. Nach dem Tode Augustin Pflegers, der seit 1680 als sachsen-lauenburgischer Kapellmeister bestellt war, wurde er dessen Amtsnachfolger.
1689 starb Herzog Julius Franz überraschend, ohne einen männlichen Erben zu hinterlassen. Seine böhmischen Besitztümer wurden unter den beiden ledigen Töchtern Anna Maria Franziska und Sibylla Augusta aufgeteilt. Markgraf Ludwig Wilhelm von Baden, der sich militärische Verdienste im Krieg gegen die Türken auf dem Balkan erworben hatte, während gleichzeitig französische Truppen seine badischen Stammlande verwüsteten, heiratete auf Initiative des Kaisers Sibylla Augusta, die jüngere der beiden Schwestern. Die Hochzeit fand am 27. März 1690 auf Schloß Raudnitz an der Elbe statt.
Die folgenden Jahre brachten eine bewegte Zeit für das junge Herrscherpaar, an eine repräsentative Hofhaltung konnte zunächst nicht gedacht werden. Ludwig Wilhelm hatte seine Aufgaben als Heerführer auf dem Balkan und am Oberrhein wahrzunehmen. Auch für die Musiker der nun zumindest formell vereinigten, unter Fischers Leitung stehenden baden-badischen und sachsen-lauenburgischen Hofkapellen waren die Zeiten unruhig. Der Kapellmeister hatte vermutlich neben seinen Verpflichtungen die Möglichkeit zu reisen und zu komponieren.
Nach dem Frieden von Ryswijk im Jahre 1697 fasste Ludwig Wilhelm den Entschluß, seine Residenz wieder nach Baden und zwar in das nahe Baden-Baden gelegene Rastatt zu verlegen. 1705 konnte die Familie in einen fertiggestellten Flügel desneuen Schlosses einziehen. Erst nach dem Rastatter Frieden von 1714, mit dem der spanische Erbfolgekrieg beendet wurde, ließen sich die Markgräfin Witwe und ihre Kinder dauerhaft am Oberrhein nieder.
Waren nach dem Tode Ludwig Wilhelms im Jahre 1707 zunächst die Hofmusiker entlassen worden, so wurde Fischer mit dem Umzug nach Rastatt wieder eingestellt. Nach dem erhaltenen Entwurf des Anstellungsvertrages begann seine neue Amtszeit am 25. Oktober 1715. Fische hatte als Kapellmeister nicht nur die Aufgabe die Hofmusik zu leiten, sondern wurde auch angehalten, beständig neue Werke zu komponieren. So entstanden in den ersten Rastatter Jahren eine ganze Reihe von Bühnenwerken für Feiertage der markgräflichen Familie, von denen jedoch nur einige Periochen erhalten sind. Zweiffellos komponierte er in Rastatt auch Kirchenmusik, doch haben sich bislang keine Spuren dieser Werke finden lassen. Von einigen Reisen abgesehen blieb Fischer bis zu seinem Tode im Jahr 1746 als Hofkapellmeister in Rastatt.
Schon von den Zeitgenossen wurde Fischer als Komponist hochgeschätzt. Er gilt als einer der bedeutendsten Klavier-Komponisten zwischen Johann Jakob Froberger und J. S. Bach und als wichtiger Vermittler des französischen Stils in den deutschsprachigen Ländern. Bach besaß nachweislich Abschriften seiner Werke und Fischers Ariadne musica, eine Sammlung von Präludien und Fugen für Orgel in 20 Tonarten, könnte in gewisser Weise Anregung für das Wohltemperierte Clavier gewesen sein.

Werke (Auswahl)
Vokalmusik
A . Weltlich (wenn nicht anders vermerkt ist die Musik verschollen)
»O Titan«, Kantate zum Namenstag des Prinzen Ludwig Georg, Baden-Baden 1713 (Karlsruhe,Generallandesarchiv)
Sing- und klingendes Schnee-Opfer, Rastatt 1717
Waffen-, Bücher- und Jägerlust, Rastatt 1717
Huldigungs-Fest der Zeit, Rastatt 1718
Meleagers Gelübd-mässiges Ehren-Feuer-Opffer, Rastatt 1718
Erkandte und bereuete Undanckbarkeit Philenae gegen ihren Erlöser Soteriastes (Schuldrama), Rastatt 1719
Vergnügte Ehe-Liebe in Hochbeglücktester Wiederkunfft Ancaeens zu seiner Ehe-Verlobten Alcathoe, Rastatt 1721

B. Geistlich
Vesperae, seu Psalmi vespertini pro toto anno op.3, Augsburg 1701
Lytaniae Lauretanae op.5, ebd. 1711
Messen (als Manuskripte im Archiv der Kreuzherren mit dem roten Stern in Prag):
Sanctae crucis g-Moll
Sancti Dominici d-Moll
Magnae Expectationis C-Dur
Inventionis sanctae crucis d-Moll
Sancti Michaelis archangeli C-Dur
Sanctae Caeciliae B-Dur
Sancti Spiritus c-Moll
In contrapuncto d-Moll
Weitere Psalmen, Offertorien etc. handschriftlich ebd.

Instrumentalmusik
Le journal du printemps, acht Suiten für Orchester op.1, Augsburg 1695
Les Pièces de Clavessin, Schlackenwerth 1696; zweite Ausgabe als:
Musicalisches Blumen-Büschlein, Augsburg, Selbstverlag, 1698
Ariadne musica neo-organoedum, 20 Präludien und Fugen sowie fünf Riccercare für Orgel op.4, ebd. 1702
Praeludia et fugae pro organo, Augsburg o.J. (verschollen); zweite Ausgabe als: Blumen-Strauss, ebd. 1732
Musicalischer Parnassus, neun Suiten für Cembalo, Augsburg [1738]