Über Kindheit und Jugend Joseph Aloys Schmittbaurs ist nur wenig bekannt. Wahrscheinlich wurde er im November 1718 in Bamberg geboren. Seine Ausbildung erhielt der Komponist in Würzburg bei dem Hoforgelbauer Johann Philipp Seuffert (1693–1780) und mit einiger Sicherheit auch bei dem Hofkapellmeister Johann Georg Franz Wassmuth (1707–1766). 1753 trat er als Hofmusiker in die Kapelle der Markgrafen von Baden-Baden in Rastatt ein und stieg hier zum Konzert- und schließlich zum Kapellmeister auf.

Nach der Wiedervereinigung der beiden badischen Markgrafschaften erhielt Schmittbaur 1772 eine Anstellung als Konzertmeister in Karlsruhe. Mit den dortigen Verhältnissen und seiner untergeordneten Position unzufrieden, wechselte er 1775 als Domkapellmeister nach Köln. Bereits zwei Jahre später kehrte er jedoch nach Karlsruhe zurück, nun als Kapellmeister. Erst 1804 wurde er pensioniert. Im Alter von 91 Jahren starb Schmittbaur am 24. Oktober 1809 in Karlsruhe.

Schmittbaur war nicht nur ein fruchtbarer Komponist, der mehr als 300 Werke fast aller Gattungen schuf. Viele seiner Kompositionen sind heute leider verschollen. Schmittbaur wirkte darüber hinaus als Orchesterleiter, Orgelsachverständiger und Pädagoge. Außerdem erwarb er sich große Verdienste um die Weiterentwicklung der von Benjamin Franklin (1706–1790) erfundenen Glasharmonika.

Werke (Auswahl)
1. Opern, Singspiele, Serenaten
Scherzo Pastorale Da Cantarsi A IV. Voci, 2 Teile (ca. 1759 Rastatt)
L’Isola disabitata (Metastasio), Azione teatrale (1762 Rastatt)
Die Stumme Liebe (Georg Ludwig Korn nach Gellert), Singspiel (1767 Rastatt)
Die würkliche Vollziehung der Heyrath des Katau und Agathe bey ihrer unvermutheten Zusammenkunft
auf der Reise nach Paris (Georg Ludwig Korn), Singspiel (5. Mai 1770 Freiburg)
Der Deserteur, deutsche Fassung der gleichnamigen Opéra comique von Sedaine/Monsigny
(ca. 1773 Karlsruhe)
L’Endimione (Metastasio), Serenata (1774 Karlsruhe)
Lindor und Ismene (Julius von Soden), Singspiel (1776 oder 1777, Köln oder Karlsruhe)
Betrug aus Liebe (Heinrich Ferdinand Möller), Singspiel 3 Aufzüge (1790 Karlsruhe)

2. Weltliche Vokalmusik
Die Ureltern im ersten Gewitter (Carl Ludwig Friedrich Drais Freiherr von Sauerbronn),
(20. Oktober 1780 Karlsruhe); Handschrift: D-SWl
Klagen nach der Abreis der weltberühmten italienischen Sängerin Madam Luigia Todi aus Karlsruhe
(Johann Lorenz Böckmann), (1781? Karlsruhe)
Prologo indirizzato alle Altezze Imperiali del Gran Duca e della Gran Duchessa di tutte le Russie, (1782
Karlsruhe)
Auf die Geburt eines Landesprinzen (Johann Leonhard Walz), (1784 Karlsruhe)
Epilogus Am Carlstag, (1788 Karlsruhe)
Weitere Kantaten für Solostimme(n) und Orchester bzw. Kammerensemble sowie ca. 50 Klavierlieder veröffentlicht in: Blumenlese für Klavierliebhaber, Speyer: Bossler [1782–1787]

3. Sinfonien
Insgesamt ca. 50 Sinfonien, zumeist handschriftlich überliefert, im Druck erschienen:
Tre sinfonie op. 2, Offenbach: André [vor 1777]
² Simphonie à plusieurs Instruments, Amsterdam/Berlin: Hummel [1795]
Sinfonia bey Gelegenheit der Höchsten Vermählung Seiner Regierenden Churfürstlichen
Durchlaucht von Pfalz-Bayern Maximilian Joseph Mit der Prinzessin Caroline von Baaden ...
in C-Dur, Heilbronn: Amon [1799]

4. Konzerte (Soloinstrument und Orchester)
für Violine in D-Dur
für Oboe in B-Dur
für Fagott in B-Dur, B-Dur und G-Dur
für Horn in F-Dur und E-Dur
für Glasharmonika in C-Dur

5. Kammermusik
Hauptsächlich Quartette und Trios mit Flöte, darunter:
3 Trios pour 2 fluttes & basse, Speyer: Bossler (1783)
Six Quatuors pour une Flute, deux Violons et Violoncelle. ... Dans le Sixieme au place de Violon second
c’est un Clavecin, Mannheim: Götz/Offenbach: André/Karlsruhe: Selbstverlag [1773]; dass. als Six
Quartetto concertant in Paris unter Haydns Namen veröffentlicht; auch in zahlreichen Handschriften
überliefert;
Handschrift: DK-Kk (mu 6212.1652, Stimmen)
III Quatuors, deux à flûte, alto violon et basse, et un à flûte, deux violons et basse ... ouevre III,
Wien: Artaria [um 1786]
Trois quartetts ... pour le clavecin ou piano-forte accompagnés d’une flûte, violon et basse, oeuvre I,
Speyer: Bossler [1781]

6. Musik für Tasteninstrumente
ca. 50 Sätze für ein Tasteninstrument veröffentlicht in: Blumenlese für Klavierliebhaber, Speyer: Bossler
[1782–1787]
XXIV Vor- u. Nachspiele für die Orgel, Heilbronn: Amon [1797]

7. Musik für die Glasharmonika
Cinq preludes et un rondo pour l’armonica ou piano-forte, Wien: Traeg [1803]

8. Oratorien und geistliche Kantaten
Somnium Sapientiae / Traum der Weisheit (Joseph Ledergerw), Oratorium (1770 Rastatt )
Passio domini nostri Jesu Christi secundum Matthaeum (um 1776 Köln?)
Die Freunde am Grabe des Erlösers bey Gelegenheit seiner Auferstehung (Johann Leonhard Walz),
Osterkantate (1782 Karlsruhe )
Die Selbstverleugnung (Henrich Julius Tode), Kantate (1784 Ludwigslust?); Handschrift: D-SWl

9. Messen und Requiem (für Solostimmen, Chor und Orchester)
Missa Solemnis op. 1, [erste] Dreikönigsmesse (1776 Köln); Speyer: Bossler [1781], auch in
zahlreichen Handschriften überliefert;
Handschrift: D-FRu (Hs. 735, Stimmen)
Missa in c-Moll
Missa de Requiem in Es-Dur
Zahlreiche weitere Messen zweifelhafter Zuschreibung

10. Sonstige liturgische Musik (für Solostimmen, Chor und Orchester)
Stabat Mater (vor 1771)
Hymnus Veni Sancte Spiritu, Baden-Baden Archiv der Stiftspfarrei (1774)
[1.] Completorio in D-Dur
[2.] Completorio in D-Dur
Zahlreiche weitere Offertorien, Hymnen etc. handschriftlich überliefert