Johannes Käfer wurde als ein Sohn des Hofmusikers Johann Philipp Käfer geboren (s.d.). Bevor er in die Dienste des Karlsruher Hofes trat, war er vermutlich in der Hofkapelle von Sachsen-Hildburghausen tätig. In Karlsruhe wirkte er von 1715 bis 1725 als Organist und auch als Komponist. Er verstarb 1725.