Johann Baptist Kefer wurde 1732 oder 1733 in der Schweiz geboren, war für kurze Zeit im Zisterzienserkloster Wettingen (Kanton Aargau) und fand 1760 eine Anstellung in Donaueschingen als Präzeptor an der deutschen Schule, als Organist an der Pfarr- und Hofkirche sowie als Hofmusikus. 1768 unterwies er den Erbprinzen, den späteren Fürsten Joseph Maria Benedikt, auf dem Klavier. Wie Kefer 1784 in einer Bittschrift anführt, oblag ihm auch das Stimmen der Klavierinstrumente am Hofe; des weiteren erwähnt er, daß er öfters gehalten sei, dem Fürsten und der Fürstin »zum Accomponieren [ sic!] unterthänigst aufzuwarthen«. 1784 wurde er vom Schuldienst entbunden. Er dürfte 1787 neben Joseph Anton Obkircher der einzige fürstliche Hofmusiker gewesen sein, der den Besuch der Familie Mozart am Donaueschinger Hof 1766 erlebt und der mit Vater und Sohn Mozart musiziert hatte.
Kefer, der am 1. Oktober 1809 starb, hinterließ handschriftliche geistliche und weltliche Kompositionen, so zwei Passionen und englische sowie deutsche Tänze für Klavier.

Text nach: Manfred Schuler, »Die Aufführung von Mozarts ›Le Nozze di Figaro‹ in Donaueschingen 1787. Ein Beitrag zur Rezeptionsgeschichte«, in: Archiv für Musikwissenschaft, 45 (1988), S. 115.