Geboren um 1760 wahrscheinlich in Horín. Über seine Kindheit und Jugend ist nichts bekannt. Im Stift Gars wird er 1780 – dem Eintrag des Chronisten zufolge – als »der berühmte Componist Neupauer ein Prager 18 Jahre« erwähnt. Neubaur führte das Leben eines reisenden Virtuosen und Komponisten. Gelegentlich übte er das Amt des Kapell- oder Konzertmeisters aus, ließ sich jedoch im Zeitraum von 1780 bis zu seinem Tod im Jahr 1795 nirgendwo länger als für ein bis zwei Jahre nieder. Sein unstetes Leben führte ihn nach München und Wien sowie u.a. nach Heilbronn, Weilburg, Darmstadt, Donaueschingen, Koblenz (vgl. dazu ausführlich MGG2, Personenteil, B 12, 2004, Sp.1006-1008). Das letzte Jahr seines Lebens verbrachte Neubaur in Bückeburg, wo er als Nachfolger von Johann Christoph Friedrich Bach zum Konzertmeister ernannt wurde.
Im deutschen Südwesten war der Musiker u.a. 1783 in Donaueschingen von Fürst Joseph Maria Benedikt als Kapellmeister für ein halbes Jahr verpflichtet.
Zu seinen Aufgaben gehörte »das Directorium bey unserer Hof=Music führen« und die Komposition eigener Werke. Einige Handschriften seiner Harmoniemusiken, die in der Fürstenbergischen Musikaliensammlung vorhanden sind, entstanden wahrscheinlich in dieser Zeit.
Überdies weilte Neubaur 1790 in Kirchheimbolanden. Seine Stellung als Konzertmeister in Kirchheimbolanden wurde bislang in der Forschung stark angezweifelt. Laut einer Schatull-Rechnung der Fürstin Caroline von Nassau-Weilburg wurde Neubaur »für gelieferte Composition und für sein Verweilen in Kirchheim« 110 fl. ausgezahlt (Hessisches Hauptstaatsarchiv Wiesbaden, Bestand Nassau-Weilburg, 130 II, 3520ff.). So hoch wurden bisher nur sehr wenige Musiker wie z.B. Chr. Cannabich belohnt (ein Zeichen der Würdigung seiner Stellung als Instrumentalmusikdirektor Mannheimer Hofkapelle). Dies ist möglicherweise ein Hinweis, dass Neubaur als Konzertmeister gehuldigt wurde bzw. diese Stellung vorübergehend am Hof in Kirchheimbolanden innehatte. Ein weiteres Indiz dafür liefern Werke Neubauers (Sinfonien, Quartette, Harmoniemusik), deren Anschaffung in den Jahren 1790-1792 im Musikalienkatalog der Fürstin Caroline festgehalten wurde.

Zurecht bezeichnet Ulrich Leisinger Neubaur »als einen der schillerndsten Musiker des 18. Jahrhunderts.«, denn bereits von seinen Zeitgenossen ist Neubaur als Geiger, Dirigent und Komponist gewürdigt worden. »Ein geniales Feuer durchdrang das Orchester, wenn Neubauer dirigirte, und seine Sinfonien brachten, wenn sein Geist sie beseelte, eine unbeschreibliche Wirkung auf seine Zuhörer hervor«, schrieb Friedrich von Schlichtegroll 1795 in seinem Nekrolog.
Als Komponist hinterließ er ein umfangreiches Oeuvre, in dem eine Gattungsvielfalt herrscht. Zahlreiche kirchenmusikalische sowie weltliche Vokalwerke, Orchester- und Kammermusik – von Sinfonien, Konzerten über Quartette, Trios und Duos bis hin zu den kleinsten Formen wie Klavierstücke – sind zu finden. Und was man beim Komponieren beachten sollte, schrieb Neubaur in seinem Lehrwerk »Eine Erleichterung zu der Musikalischen Composition« (1783) nieder.

Schriften von Neubaur

Werke (Auswahl)

Bühnenwerke

Fernando und Yariko, ein Schauspiel mit Gesang, D: Orwell/ Gessnea/ Fuessli, 1788

Vokalmusik

Geistlich

Missa in G-Dur, H: D-FRu, 1783
mind. 30 Messen
Weihnachtskantate Lobsinget, ihr Menschen, H: D-FÜS, 1787
Kantate Der Herr ist würdig, H: D-B
Ferner 8 Te Deum, 6 Requiem, 10 Litaneien u. a.

Weltlich
Hymnus auf Die Natur, H: D-KFp

Instrumentalmusik

Sinfonien
Sinfonie à grand Orchestre, B-Dur, op. 8/1 , D: André
Sinfonie à grand Orchestre, B-Dur, op. 8/3 , D: André
La Bataille Sinfonie à grand Orchestre, D-Dur, op. 11 , D: André
Sinfonie à grand Orchestre, C-Dur, op. 12/1 , D: André
Sinfonie à grand Orchestre, Es-Dur, op. 12/2 , D: André
Sinfonie à grand Orchestre, D-Dur, op. 12/3 , D: André

Konzerte
Klavierkonzert op. 21, Braunschweig, 1798, H: D-B
Violoncellokonzert in B-Dur, Mainz, D: Zulehner, 1803
Flötenkonzert in G-Dur, op. 13, D: André, 1792

Kammermusik
Trois Quatuors op.7, D: André, 1793
IV Quatuors, op. 6, D: André, 1792
VII variations für Flöte, Violine und Bratsche, op. 16, D: Gombart
Trois Duos pour deux Violoncelles, op.10, D: André
Trois Sonatines für zwei Violinen, op. 35, D: Böhme
Dances Allemandes VIII für 2 Vl. Und Vc., 1785, H: D-Mbs
IV Duos pour Violon & Viola, op.5 D: André
Klavierstücke in: Neue Blumenlese für Klavierliebhaber, eine musikalische Wochenschrift, zweiter Theil, D: Bossler, 1784

Harmoniemusik
Parthia in G, H: D-DO
Barthia in B, H: D-DO
Barthia in Dis, H: D-DO
weitere 15 Parthien